Ao tornar os Apóstolos participantes do seu próprio poder de perdoar os pecados, o Senhor dá-lhes também autoridade para reconciliar os pecadores com a Igreja. Esta dimensão eclesial do seu ministério exprime-se, nomeadamente, na palavra solene de Cristo a Simão Pedro: «Dar-te-ei as chaves do Reino dos céus; tudo o que ligares na terra ficará ligado nos céus, e tudo o que desligares na terra ficará desligado nos céus» (). «Este mesmo encargo de ligar e desligar, conferido a Pedro, foi também atribuído ao colégio dos Apóstolos unidos à sua cabeça (; 28, 16-20)»39.
As palavras ligar e desligar significam: aquele que vós excluirdes da vossa comunhão, ficará também excluído da comunhão com Deus; aquele que de novo receberdes na vossa comunhão, também Deus o acolherá na sua. A reconciliação com a Igreja é inseparável da reconciliação com Deus.
Cristo instituiu o sacramento da Penitência para todos os membros pecadores da sua Igreja, antes de mais para aqueles que, depois do Baptismo, caíram em pecado grave e assim perderam a graça baptismal e feriram a comunhão eclesial. É a eles que o sacramento da Penitência oferece uma nova possibilidade de se converterem e de reencontrarem a graça da justificação. Os Padres da Igreja apresentam este sacramento como «a segunda tábua (de salvação), depois do naufrágio que é a perda da graça»40.