Na medida em que nega ou rejeita a existência de Deus, o ateísmo é um pecado contra a virtude da religião56. A imputabilidade desta falta pode ser largamente diminuída, atendendo às intenções e às circunstâncias. Na génese e difusão do ateísmo, «os crentes podem ter tido parte não pequena, na medida em que, pela negligência na educação da sua fé, ou por exposições falaciosas da doutrina, ou ainda pelas deficiências da sua vida religiosa, moral e social, se pode dizer que mais esconderam do que revelaram o autêntico rosto de Deus e da religião»57.
Muitas vezes, o ateísmo funda-se num falso conceito da autonomia humana, levado até à recusa de qualquer dependência em relação a Deus58. No entanto, «o reconhecimento de Deus de modo nenhum se opõe à dignidade do homem, uma vez que esta se funda e se realiza no próprio Deus»59. A Igreja sabe que «a sua mensagem está de acordo com os desejos mais profundos do coração humano»60.
O agnosticismo reveste muitas formas. Em certos casos, o agnóstico recusa-se a negar Deus. Postula, pelo contrário, a existência dum ser transcendente, incapaz de Se revelar e do qual ninguém seria capaz de dizer fosse o que fosse. Em outros casos, não se pronuncia sobre a existência de Deus, declarando ser impossível prová-la, e até afirmá-la ou negá-la.