Muitas vezes, o ateísmo funda-se num falso conceito da autonomia humana, levado até à recusa de qualquer dependência em relação a Deus58. No entanto, «o reconhecimento de Deus de modo nenhum se opõe à dignidade do homem, uma vez que esta se funda e se realiza no próprio Deus»59. A Igreja sabe que «a sua mensagem está de acordo com os desejos mais profundos do coração humano»60.
O agnosticismo reveste muitas formas. Em certos casos, o agnóstico recusa-se a negar Deus. Postula, pelo contrário, a existência dum ser transcendente, incapaz de Se revelar e do qual ninguém seria capaz de dizer fosse o que fosse. Em outros casos, não se pronuncia sobre a existência de Deus, declarando ser impossível prová-la, e até afirmá-la ou negá-la.